En el periodo de Emilio Lozoya al frente de Pemex, entre el 2012 y el 2016, la Auditoría Superior de la Federación (ASF) encontró diversas anomalías en la gestión de la empresa productiva del Estado mexicano como la compra de las plantas Fertinal y Agronitrogenados; esta última, sobre la cual hasta hoy en día persisten millones de pesos por aclarar.

Como parte de la revisión a la Cuenta Pública del 2015, la ASF analizó la rehabilitación y compra de la planta Agronitrogenados, subsidiaria de Altos Hornos de México sobre la cual el máximo órgano fiscalizador del país mantiene en la actualidad un seguimiento de aclaración o comprobación en la utilización de 548.3 millones de pesos de recursos públicos.

En el informe de la ASF sobre la planta, en principio, se determinaron recuperaciones probables por 1,126 millones  227,400 pesos, además de 909 millones 530,200 pesos por aclarar.

El órgano fiscalizador indicó en los resultados de la auditoría que hubo “deficiencias en el proceso de evaluación de las propuestas, falta de control del presupuesto y de los tiempos estipulados en el contrato de rehabilitación de la planta de fertilizantes nitrogenados (...) reducción de metas y aumento del monto contratado sin justificación, no consideró originalmente la integración al proyecto de nueva tecnología, no justificó las razones por las cuales rebasó el importe contratado, no especificó en el contrato las responsabilidades que tendrían las partes, falta de permisos por parte de la autoridad ambiental previo al inicio de los trabajos, incumplimientos en la ejecución y calidad de los trabajos por parte de la contratista”, entre otras irregularidades.

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